او دومین پسر خانواده و فرزند مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه ‏اى[1] كه از مجتهدان مشهد به شمار می‌رفت (جد ایشان سید حسین خامنه‌ای [2] از روحانیون آذربایجانی مقیم نجف بود)[3]، و مادر ایشان ، دختر حجت الاسلام سید هاشم نجف آبادی[4] می باشد.

زندگى حجت الاسلام حاج سید جواد خامنه ‏اى مانند  بیشتر روحانیون و مدرسّان علوم دینى، بسیار ساده بود. خانه‌اى كه خانواده‌ی سید جواد در آن زندگى مى‌كردند در یكی از محله‌های فقیرنشین مشهد قرار داشت: «منزل پدرى من كه در آن متولد ‏شده‌ام، تا چهار پنج سالگى من، یك خانه‌ی  ۶۰ ـ ۷۰  مترى در محله‌ی فقیرنشین مشهد بود كه فقط یك اتاق داشت و یك زیرزمین ‏تاریك و خفه‌اى! هنگامى كه براى پدرم میهمان مى‌آمد -و معمولاً پدر بنا بر این كه روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان ‏داشت- همه‌ی ما باید به زیرزمین مى‌رفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌اى كه به پدر ارادتى داشتند، زمین كوچكى را كنار این منزل ‏خریده به آن اضافه كردند و ما داراى سه اتاق شدیم.»‏

خواهران و برادران

1-    سید محمد خامنه ای برادر بزرگتر ایشان، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بوده و در حال حاضر[5]  ریاست بنیاد حكمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد.

2-    سید هادی خامنه ای روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز، در سال ۱۳۷۲ روزنامه جهان اسلام، و سال ۱۳۷۹ روزنامه حیات نو را منتشر كرد كه این روزنامه به دستور دادگاه ویژه روحانیت توقیف شد .

3-     سیده بدری حسینی خامنه ای