با شروع جنگ تحمیلى عراق علیه ایران، هاشمى رفسنجانى به عنوان نماینده امام و سخنگوى شوراى عالى دفاع انجام وظیفه نمود. بعدها نیز به پیشنهاد حضرت آیتالله خامنهاى، از طرف امام به عنوان فرمانده جنگ و سرانجام به عنوان جانشین فرماندهى كل قوا منصوب شد[1] كه در این مسئولیت براى خاتمه شایستهجنگواثبات متجاوز بودن بعث عراق در سازمان ملل تلاشى موفق داشت. البته در طى این دوران آقاى هاشمى رفسنجانى در پرتو هدایت امام (ره)، بحرانهاى بسیارى از جمله حوادث هفتم تیر و هشتم شهریور سال 1360، را كه عوامل ضدانقلاب و منافقین در كشور ایجاد كردند و در اثر آن جمعى از مدیران كشور به شهادت رسیدند، با تدبیر و هدایتى بىنظیر اداره كرد و به سود انقلاب به سرانجام رساند. در این ایام خطبههاى نمازجمعه ایشان در تبیین تاریخ انقلاب و معارف اسلامى و بخصوص بحث عدالت اجتماعى، تأثیر قابل توجهاى در افكار عمومى برجاى گذارد.[2]
[1] . 3- متن حكم حضرت امام( ره) در مورد جانشینى فرماندهى كل قوا، توسط آقاى هاشمى رفسنجانى به این شرح است:
بسمالله الرحمن الرحیم
جناب حجتالاسلام آقاى حاج شیخ علىاكبر هاشمى رفسنجانى دامت افاضاته
باتوجه به درگیرى رویاروى آمریكاى جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگى غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامى و جلوگیرى از پیروزى اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجتالاسلام آقاى خامنهاى دامت افاضاته جنابعالى را با تمام اختیارات به جانشینى فرماندهى كل قوا منصوب مىنمایم و جنابعالى موظف به اجراى دستورات ذیل مىباشید:
1- ایجاد ستاد فرماندهى كل تا تهیه زمینه وحدت كامل
2- هماهنگى كامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهاى انتظامى در تمامى زمینههاى دفاع مقدس اسلام. بدیهى است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمانهاى مربوط و پشتیبانى كننده در هماهنگى نیروهاى مسلح نقش اساسى را دارا خواهند بود.
3- تمركز صنایع نظامى و تهیه مایحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امكانات تعمیراتى، پشتیبانى، فنى، مهندسى، رزمى، آموزشى و تحقیقاتى و نیز بسیج همه امكانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوى فرماندهى كل.
4- سعى در استفاده هرچه بهتر از امكانات و نیروها؛ و جلوگیرى از به كار گرفتن امكانات مادى و معنوى در غیرموارد ضرورى. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمانها و تشكیلات تكرارى و غیرضرورى.
5- تمركز امور تبلیغى و فرهنگى نیروهاى مسلح در تمام زمینهها.
6- استفاده درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامى در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.
7- بهرهبردارى صحیح از كمكهاى مردمى در تمامى زمینهها.
قواى مقننه و اجرائیه و قضائیه موظفند تمامى امكانات و سیاستهاى خود را در جهت نیازهاى جنگ به كار گیرند.
از مردم عزیز ایران و نیروهاى نظامى و انتظامى مىخواهم تا با صبر و شكیبایى انقلابى و با قدرت و استقامت در مقابل توطئههاى استكبار جهانى ایستادگى نمایند؛ و مطمئن باشند كه پیروزى از آن صابران است. جهان امروز غرق در نامردمىها و حیلههاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت مىباشید. من به همه شما دعا مىكنم. خداوند یار و پشتیبان مبارزان راه خدا باد. توفیق جنابعالى را از خداى تعالى مسألت دارم. والسلام علیكم و رحمهالله
روحالله الموسوى الخمینى
2 خرداد 1367
[ صحیفه امام( ره) جلد بیستویكم ص 56]
[2] . مجموعه آثار حضرت آیت الله هاشمی رفسنجانی> زندگینامه، ص:9 تا 11