مرحوم سید مصطفى دارای سه پسر بود و سه دختر كه عبارتند از:
1-سید مرتضى (معروف به پسندیده)[1] {تصویر}
2- سید نورالدین كه از محترمین مقیم تهران بود و در سال 1396 ه.ق به رحمت ایزدی پیوست
3-سید روح الله (معروف به امام خمینی )[2]
[1] - در ۱۳ فروردین ۱۲۷۵ در شهرستان خمین به دنیا آمد. پس از فراگیری دروس مقدماتی در سال ۱۲۸۸ به اصفهان رفت و در آنجا ادبیات، منطق، كلام، فقه، اصول و هیئت و نجوم را آموخت. سپس به خمین بازگشت و حوزهٔ دروس فقه، اصول، كلام منطق و نحو را در آن شهر برپا نمود.
پیش از انقلاب
سید روح الله خمینی در این دوران از او بود. او از نظر سیاسی نیز فرد فعالی بود و با حكومت رضاشاه مخالفت میكرد. در نوجوانی در جنگ جهانی اول با نیروهای انگلیسی مخالفت كرد و در ماجرای كشف حجاب محاكمه شد. در زمان مدرس در مبارزات ملی شدن صنعت نفت همكاری كرد. با اشغال ایران به دست متفقین، به اتهام ممانعت از تامین خوراك قوای متفقین تبعید شد.
بعد از دستگیری سید روح الله خمینی پس از قیام ۱۵ خرداد به همراه دیگر مراجع برای اعتراض به تهران آمد. او فردی خطرناك برای حكومت پهلوی شناخته میشد و بارها در دادگاه محاكمه شد. سرانجام با مقاومتهای او حكومت پهلوی تصمیم به تبعید او به خمین را گرفت. چندی بعد بیتوجه به تبعید، خمین را به مقصد قم ترك كرد و فعالیتهایش را ادامه داد تا آنكه به دلیل برپایی مراسم سوگواری در خانهٔ سید روح الله خمینی دستگیر و دوباره به خمین تبعید شد. پس از این نیز چندین بار دیگر به دلیل فعالیتهایش ضد حكومت پهلوی، محاكمه یا تبعید شد.
پس از انقلاب
پس از پیروزی انقلاب، با صرف نظر از موقعیت علمی و مبارزاتیاش، چون گذشته وكالت خمینی را در امور شرعی بر عهده گرفت. سرانجام در ۲۲ آبان ۱۳۷۵ درگذشت و در مسجد بالاسری آرامگاه فاطمه معصومه به خاك سپرده شد. (به نقل از مركز اسناد انقلاب اسلامی )
[2] - لغت نامه دهخدا با سربرگ خمینی ،سید روح الله.