دوره اول
دوره اوّل فعّالیت انجمن به سال 1301 لغایت شهریور 1320 هجری شمسی بر میگردد. در پاییز سال 1301 گروهی از رجال دانشور و علاقه مند به آثار تاریخی و افتخارات پیشین ایران برای نگهداری و تعمیر ابنیه تاریخی و پاس حرمت یادگارها و مفاخر فرهنگی و هنری قدیم ایران گردهم آمده، پیرو تدوین یك اساسنامه 14 ماده ای «انجمن آثار ملّی» را تشكیل دادند.
اقدامات
بزرگداشت و ساخت بنای آرامگاه حكیم فردوسی و ابن سینا
نخستین اقدام مهم و اساسی انجمن، بنای آرامگاه حكیم ابوالقاسم فردوسی طوسی و تشكیل مجمع بینالمللی به مناسبت هزارمین سال تولّد وی بود كه در سال 1313 هجری شمسی برگزار شد. مضافاً بر این چاپ 8 عنوان كتاب در خصوص ابنیه تاریخی ایران و الواح تاریخی تخت جمشید از دیگر فعّالیت های انجمن در این دوره بوده است. پس از مراسم مذكور انجمن تا آذر ماه سال 1323 به دلیل تحوّلات سیاسی و نظامی (اشغال ایران توسّط متفقین و تغییر حكومت ایران) كه در ایران آن زمان ایجاد شده بود از فعّالیت باز ماند. در این تاریخ بود كه با تصویب اساسنامهای جدید در اصل دوره دوم فعّالیت انجمن آغاز و تا سال 1357 منشاء خدمات ارزندهای به فرهنگ و تمدّن ایران زمین شد.
دوره دوم
از شروع دومین دوره فعّالیت انجمن آثار ملّی به دلیل در پیش بودن هزارمین سال تولّد شیخالرئیس ابوعلی سینا دو اقدام مهم منظور نظر اعضای انجمن بود. یكی بنای آرامگاه سعدی كه در سال 1331 افتتاح شد و دیگری برپاداشتن جشن هزاره ابن سینا و بنای آرامگاه جدید او در همدان.
از دیگر خدمات انجمن آثار ملّی در دوره دوم فعّالیت خویش، ساخت آرامگاه نادرشاه افشار، حكیم عمر خیام، شیخ فریدالدّین عطار نیشابوری، استاد كمالالملك، باباطاهر عریان، صائب تبریزی، شیخ روزبهان، سیبویه، شیخ ابوالحسن خرقانی، شاه شجاع، ابن یمین فریومدی، ابوالحسن بیهقی، اوحدی مراغهای و بسیاری از بزرگان و نام آوران ایران زمین كه شمار آنان به بیش از 30 آرامگاه و بنای یادبود می رسد.
بناهایی كه هم اكنون یكی از جاذبههای توریستی و گردشگری كشور به شمار می آیند.
تعمیر و مرمت بناهای تاریخی
شاخهای دیگر از فعّالیت انجمن در این دوره، تعمیر و مرمّت بناهای تاریخی ایران در شهرهای اصفهان، شیراز و خراسان بوده، مضاف بر این طبع و نشر قریب به 142 عنوان كتاب و رساله كه غالباً صبغه اسلامی داشتهاند از آثار بزرگان ایران و كتابهای مربوط به جغرافیای تاریخی شهرهای ایران به چاپ رسانده است.
سفارش به ساخت هفت طرح سیاه قلم از شعرا و دانشمندان ایران و همچنین 13 تندیس از جنس گچ، سنگ مرمر و برنز شامل مجسّمه نشسته فردوسی (هدیه دولت ایران به دولت ایتالیا)، مجسّمه نشسته فردوسی در باغ آرامگاه فردوسی در شهر طوس، مجسّمه عظیمالجثه در باغ نادری شهر مشهد، مجسّمه نیم تنه خیام در آرامگاه خیام در نیشابور، مجسّمه نشسته خیام در پارك لاله تهران، مجسّمه ایستاده فردوسی در میدان فردوسی تهران، كتیبه نیم برجسته از صورت كمالالملك در آرامگاه ایشان در نیشابور، نیم تنه نادر شاه در موزه نادری آرامگاه ایشان در مشهد، مجسّمه امیركبیر در ایتالیا، مجسّمه یعقوب لیث صفاری در زابل، مجسّمه بوعلی سینا در میدان بوعلی شهر همدان، مجسّمه سعدی در شیراز، از این جمله می باشند.
در این دوره بود كه به علّت نداشتن محلّ ثابتی برای استقرار انجمن، مؤسّسین انجمن در صدد تهیه ساختمانی برای اسكان دائمی برآمدند، لذا در سال 1346 هجری شمسی خانه قدیمی متعلّق به امیربهادر واقع در محلّ معروف به سر پل امیربهادر كه در ضمن واجد شرایط مناسب نیز بوده برای استقرار دائمی انجمن خریداری، بازسازی و مرمّت شد. لازم به توضیح است كه این ساختمان هم اكنون نیز جایگاه اصلی انجمن در تهران می باشد.
دوره سوم
دوره دوم فعّالیت انجمن آثار ملّی با تحوّلات ناشی از انقلاب اسلامی در سال 1357 هجری شمسی به پایان میرسد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی با توجّه به اینكه اكثر اعضا و هیأت مؤسّس «انجمن آثار ملّی» از افراد متنفّذ رژیم گذشته بودند، عملاً امكان تشكیل و ادامه كار هیأت مذكور منتفی گردید و در وضعیت خاص ماههای اوّلیه پس از پیروزی انقلاب دولت خود متكفّل اداره انجمن آثار ملّی شد.
در این مدّت به علّت عدم فعّالیت انجمن تنها تعدادی از كتابهایی كه در قبل از انقلاب سفارش چاپ آنها داده شده بود منتشر گردید.
از این مقطع به بعد عملاً كلّیه فعّالیتهای انجمن متوقّف شد و اموال آن مورد تصرّف سازمانهای مختلف قرار گرفت.
در سال 1365 با توجّه به بررسیهای مفصّل شورای فرهنگ عمومی و تشخیص ضرورت انتظام بخشیدن به امر معرّفی و بزرگداشت سر آمدان و مفاخر اسلام و ایران تصمیم گرفته شد كه انجمن آثار ملّی با تغییری مختصر در وظایف و تغییر در نام به «انجمن آثار و مفاخر فرهنگی» شروع به فعّالیت مجدّد نماید.
پیشنهاد مزبور از طریق وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی به ریاست محترم شورای عالی انقلاب فرهنگی ارائه شد و سرانجام طی جلسات 124 و 128 شورای عالی انقلاب فرهنگی مورّخ 31/6/66 و 21/7/66 رئوس اصلی اساسنامه جدید انجمن آثار و مفاخر فرهنگی تصویب شد.
در نیمه دوم سال 1370 اعضای تكمیلی هیأت امنای انجمن به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید و از سوی وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی مدیر اجرایی انجمن برای راهاندازی آن تعیین گردید.
در طی سال 1372 عملیات تعمیر و بازسازی ساختمان تاریخی و با ارزش انجمن كه حدود یكصد سال قدمت دارد و بر اثر جنگ شهرها و زلزله تهران آسیب دیده بود به همراه طرّاحی و اجرای پروژه توسعه كتابخانه انجمن و همچنین بازسازی 3000 مترمربع بنا و محوّطهسازی و فضاسازی صورت گرفت.
فعّالیت رسمی و عملی انجمن آثار و مفاخر فرهنگی (دوره سوم فعّالیت انجمن) پس از مصوّبه جلسه 258 مورّخ 73/6/1 شورای مشترك و تأیید شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه 338 مورّخ 73/6/29 و تصویب متمّم اساسنامه، پس از گذشت 16 سال وقفه در انجام وظایف اصلی در سال 1373 آغاز شد.