بخش‌های این موسسه عبارتند از:

1- پایگاه اینترنتی طهور

2- پایگاه اینترنتی پنج روز

3- نشر جام طهور

4- سایت كاربران

1- پایگاه اینترنتی طهور (www.tahoor.com )

طهور یك پایگاه جامع اینترنتی در زمینه معارف اسلامی است. بخشی از اهداف آن عبارتند از: فراهم سازی دستیابی سریع و آسان به معارف دینی همراه با دسته بندی‌های منطقی، استفاده بهینه از محتوای موجود در معارف اسلامی، ارائه نظرات اندیشمندان شیعی در حوزه‌های مختلف.

پایگاه اینترنتی طهور خود مشتمل بر چندین پایگاه اینترنتی است كه هر یك به صورت تخصصی و با بهره گیری از نیروهای پژوهشی – حوزوی و دانشگاهی در صدد تامین این مهم هستند.

این بخش‌ها عبارتند از :

كتابخانه طهور

هدف كتابخانه طهور ایجاد انگیزه مطالعه و كسب آگاهی‌های متنوع و دسترسی سریع برای كاربران به منظور بهره گرفتن از متون مختلف اسلامی است. بر این اساس برنامه كتابخانه طهور، استخراج محتوای آثار دانشمندان اسلامی مانند علامه طباطبایی، علامه تهرانی و شهید مطهری به صورت فیش‌های مستقل با طبقه بندی موضوعی و لینك مطالب مرتبط، همراه با امكان جستجوی ساده و پیشرفته است.

دائره المعارف طهور

در این بخش، دائره المعارفی جامع و بزرگ در شاخه‌های مختلف اعتقادی، اخلاق، احكام و فرهنگ و علوم انسانی همراه با لینك مطالب مرتبط در اختیار كاربران قرار گرفته است. مطالب این بخش به صورت مدخل‌هایی مستقل، تحقیق و طبقه بندی شده كه در آینده به شكل مجموعه‌ای جامع و متمركز در حوزه معارف دینی در خواهد آمد.

كتابشناسی طهور

در این بخش اطلاعات مفید و جامعی از كتب مهم در زمینه‌های علوم قرآن و تفسیر، حدیث، فقه و اصول، تاریخ، جغرافیا، هنر، علوم و فرهنگ، عرفان و ... به خواننده ارائه می‌شود.

ترجمه قرآن طهور

در بخش ترجمه قرآن، تلاش محققان و مترجمان طهور بر این است كه با توجه به مبانی صحیح در ارتباط با ترجمه قرآن و با توجه به مستندات تفسیری اعم از روایی و غیر روایی به خصوص تفسیر المیزان و با توجه به مبانی مهم ادبی (خواه در زبان فارسی یا عربی) بتواند ترجمه‌ای متناسب با شؤون مختلف قرآن ارائه دهند و به دور از هرگونه ابهام، تعقید، لفظ بازی، پیچیده گویی و...، قرآن را به صورتی روان، جذاب، قابل فهم و منطقی ترجمه كنند.

تفسیر فارسی طهور

بخشی از فعالیت‌های طهور بر تدوین تفسیر فارسی قرآن متمركز شده و در مرحله نخست تفسیر المیزان تالیف علامه طباطبایی به عنوان مرجع كار برگزیده شده است. محور عمده كار در این تفسیر چهار بخش است:

1- تفسیر ترتیبی    2- نكات تفسیری      3- واژه شناسی تفسیری     4- تفسیر موضوعی

2- سایت 5 روز (www.5rooz.com)

پنج روز سایت سبك زندگی است. سایتی كه به موضوعات متداول و كاملا عادی زندگی می‌پردازد، به موضوعاتی كه گاه چنان معمول و دم دستی‌اند كه به دید نمی‌آیند، مثل "خواب"، "رفیق"، "شغل"،"هدیه"، "همسایه" و "غذا". بسیارند چیزها كه به دید نمی‌آیند، اما در زندگی هر روزه تاثیر دارند.پنج روز می‌كوشد دفترچه راهنمایی از گفتارهای قرآنی و اولیای دین را در جامه‌ای هنرمندانه و با بیانی متفاوت و خلاق و البته كاربردی، به سمع شنوندگان برساند. در تهیه این دفترچه راهنما، علاوه بر تعالیم اسلام، گنجینه كهن تمثیلات ادب فارسی، ادبیات نمایشی جهانی و قالب‌های مدرن و جذاب برنامه سازی خواهند شد. مقالات، یادداشت‌ها و پادكست ها بارزترین بخش‌های پنج روزاند.

 3- نشر جام طهور

سفارش تهیه و تنظیم مجموعه‌های تحقیق و پژوهشی در حوزه‌های علوم دینی و انسانی برای سطوح مختلف در زمینه‌های متنوع و مورد نیاز جامعه براساس تحقیقات محققان موسسه جام طهور و آماده سازی برای ارائه به بازار نشر از اولویت‌های این بخش است.

4- سایت كاربران (www.my.tahoor.com)

ایجاد ارتباط مستمر و بالنده در فضایی علمی و سالم با كاربران و پاسخگویی به نیازها و درخواست‌های   مرتبط با محتوای سایت طهور و ارائه سرویس‌های ویژه دائم و مقطعی به كاربران ثبت نام كرده و آمادگی برای دیدگاه‌ها و پیشنهادهای آن‌ها از برنامه‌های اصول