پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلام و مؤسسات وابسته در حال حاضر شش مجله با عنوانهای: «قبسات»، «ذهن»، «اقتصاد اسلامی»، «كتاب نقد»، «زمانه» و «فقه و حقوق» را منتشر می‌كند. همچنین فصلنامه‌های «الحكم» به زبان عربی و «AL Hikmah» به زبان انگلیسی نیز در آینده نزدیك انتشار خواهند یافت.