بخش اول شامل مباحث برون قرآنی كه به دو محور كلان زیر تقسیم می‌شود:
1. «منطق فهم قرآن» كه به مبانی و روش‌شناسی درك كلام الاهی و سنجش و آسیب شناسی معرفت تفسیری می‌پردازد.
2. «قرآن شناخت» كه به مباحث تاریخ قرآن و علوم قرآنی می‌پردازد.
لازم به ذكر است در هر محور یك یا چند گروه علمی متشكل ازكارشناسان زبده و متخصص در موضوع عهده‌دار طراحی، هدایت و ساماندهی امور علمی است و شورای علمی متشكل از صاحبنظران برجسته علوم قرآنی به عنوان بالاترین مرجع تصمیم‌گیری در امور علمی بر فعالیت گروهها نظارت دارد.
بخش دوم شامل مباحث درون قرآنی است و هر یك از گروههای علمی دوازده گانه پژوهشگاه عهده‌دار مباحث خاص یك حوزه از آن می‌باشد. این بخش قریب به هفتصد مدخل را در بر می‌گیرد.