مباحث دانشنامه در قالب یكصد و بیست مدخل اصلی و حدود ده هزار مدخل فرعی حول سه محور كلان زیر ترتیب و تنظیم یافته است:
«منزلت و شخصیت فاطمی» كه به تاریخ زندگانی و سیره حضرت و منزلت و جایگاه الهی ایشان می‌پردازد. این بخش همچنین عهده‌دار طرح دیدگاههای مطرح در مورد آن بزرگوار و بررسی آثار منتشره و منابع مكتوب موجود در مورد آن حضرت است.
«حكمت فاطمی» كه اندیشه و تعالیم فكری حضرت را طرح و تحلیل میكند، و از نظر ایشان به مباحث حكمی و معارف دینی می‌نگرد.
«زن و خانواده» كه ماهیت و مرتبت و حقوق و حرمت زن و نهاد خانواده از منظر اسلام، و طرح و نقد آراء و نظریه‌های موجود در این زمینه را تبیین میكند.