ساختار علمی دانشنامه امام علی(ع) در ده زمینه كلان به سامان شده است. هر یك از محورهای كلان نیز ـ به فراخور تنوع و میزان مقالات ـ به شاخه‌های تخصص‌تر تقسیم شده و در یك یا چند مجلد عرضه شده است.
علاوه بر دوازده جلد اصلی یك مجلد با عنوان «درآمد» حاوی مقدمه اصلی اثر،فهارس تفصیلی، نمایه‌های موضوعی، چكیده مقالات، شناختنامه قلمزنان و همكاران و... فراهم شده است.
ساختار موضوعی دانشنامه به شرح زیر است:
حكمت ومعرفت (جلد اول)،
مبدأ و معاد (جلد دوم)،
نبوت و امامت (جلد سوم)،
اخلاق و سلوك (جلد چهارم)،
حقوق (جلد ششم)،
اقتصاد (جلد هفتم)،
تاریخ (جلد هشتم و نهم)،
سیره (مجلدات دهم و یازدهم)،
مرجع‌شناسی (جلد دوازدهم).