از جمله امتیازات دانشنامه امام علی (ع) عبارت است از:
اهتمام ویژه به تجزیه و تحلیل و تبیین مباحث فكری معاصر و قضایای نوپدید، با استناد به كلمات و سیره امام حكمت و بلاغت، علی(ع)
بررسی مقایسه‌ای پاره‌ای از نظریات معاصر در مباحث تئوریك
تنوع موضوعات و جامعیت نسبی مجموعه، در زمینه بررسی زوایای گوناگون و ابعاد مختلف شخصیت و اندیشه آن بزرگوار
ساختار‌مندی و همسو بودن موضوعات مطرح شده در مقالات
تفصیل در تحقیق موضوعات و اجتناب از كلی‌گویی، تقلید گریزی و عدم اتكا به مشهورات و تحلیلهای شایع و نهراسیدن از نتایج نوپدید، ضمن رعایت احتیاط علمی در تألیف مقالات
استقصا و تتبع جامع مضامین خط و رسائل و روایات رسیده از حضرت، در قلمرو مدخلهای مورد تحقیق
همسانی و یكدستی مجموعه از لحاظ رعایت قواعد علمی پژوهش و نگارش
استناد به منابع دست اول در موضوعات تاریخی و سیروی
استفاده از زبان علمی و نثر معیار و پرهیز از آوازه گری و شعار پردازی
اشتمال بر شبكه معنایی جامع و نمایه‌ها و فهارس موضوعی