طلاب علوم دینیه كنكور ورودی ندارند و لذا ممكن است كسی كه صلاحیت ورود در این مؤسسه ی مقدس را ندارد وارد شود. و چون امتحانی در كار نیست، طلاب در بالا رفتن از كتاب پایین تر به كتاب بالاتر آزادند و بدیهی است كه بسیار اتفاق می افتد كه افرادی پیش از آن كه مراتب پایین تر را طی كنند گام به بالا می گذارند و تحصیلاتشان متوقف و خودشان دلسرد می گردند. طلاب استعدادیابی نمی شوند و در نتیجه ممكن است كسی كه استعداد فقاهت یا فلسفه یا كلام یا ادبیات یا تاریخ یا تفسیر و غیره دارد، در غیر رشته ای كه استعداد دارد بیفتد و استفاده ی كامل از وجودش نشود. رشته های تحصیلی علوم دینیه اخیراً بسیار به محدودیت گراییده و همه ی رشته ها در فقاهت هضم شده و خود رشته ی فقه هم در مجرایی افتاده كه از صد سال پیش به این طرف از تكامل باز ایستاده است. یكی از نواقص دستگاه روحانیت آزادی بی حد و حصر لباس روحانیت است.

تدریجاً روحانیین از لحاظ لباس با دیگران متفاوت شده اند و لباس مخصوص پیدا كرده اند، همچنان كه سپاهیان و نظامیان و برخی اصناف دیگر نیز لباس مخصوص دارند. در تشكیلات روحانی- برخلاف سایر تشكیلات- هركسی بدون مانع و رادع می تواند از لباس مخصوص آن استفاده كند. بسیار دیده می شود كه افرادی كه نه علم دارند و نه ایمان، به منظور استفاده از مزایای این لباس به این صورت درمی آیند و موجب آبرو ریزی می گردند. در حوزه های علوم دینی، ادبیات عرب خوانده می شود اما با متد غلطی. نتیجتاً طلاب علوم دینی پس از سالها تحصیل ادبیات عرب با آنكه قواعد زبان عرب را یاد می گیرند خود زبان عرب را یاد نمی گیرند، نه می توانند با آن تكلم كنند و نه می توانند از عربی فصیح استفاده كنند یا به عربی فصیح بنویسند. افراط در مباحثه و شیوع علم اصول در عین این كه یك نوع قدرت و هوشیاری در اندیشه ی طلاب ایجاد می كند، یك نقص دارد و آن این است كه طرز تفكر طلاب را از واقع بینی در مسائل اجتماعی دور می كند و به واسطه ی این كه حتی منطق تعقلی ارسطویی نیز به قدر كافی تحصیل و تدریس نمی شود، روش فكری طلاب بیشتر جنبه ی جدلی و بحثی دارد، و این بزرگترین عاملی است كه سبب می شود طلاب در مسائل اجتماعی واقع بینی نداشته باشند. مهمترین نقصی كه در دستگاه رهبری دینی ما فعلاً به وجود آمده مربوط به بودجه و معاش و نظام مالی و طرز ارتزاق روحانیین است.