یكی از بزرگترین آثار قیام حسینی این بود كه مجزا كرد بین قیام علیه خلفا و قیام علیه اسلام را. همان طوری كه قبلاً گفتیم اگر امام حسین علیه یزید قیام نمی كرد ممكن بود خرابكاریها و سوء سیاست یزید منجر به قیامی از طرف عناصری بشود كه به اسلام هم علاقه ای نداشتند. اكنون می گوییم اگر چه در تاریخ اسلام قیامهای زیادی می بینیم كه علیه دستگاه خلفاست و در عین حال جنبه ی حمایت از اسلام را دارد (مثل قیام ایرانیان علیه امویان) ولی باید دانست كه این امام حسین بود كه اولین بار قیام دسته جمعی مسلحانه علیه دستگاه خلافت كرد و او بود كه حساب اسلام را از حساب متصدیان امر جدا كرد بلكه راه قیام علیه دستگاه را از نظر اسلامی باز كرد و قیام آن حضرت نمونه و سرمشق دیگران قرار گرفت؛ دیگر نقش خلفا به عنوان حامیان اسلام باطل شد، اسلام در طرف مخالف قرار گرفت.

قبل از امام حسین هم قیامهایی فردی یا دسته جمعی انجام شد. آنها یا مسلحانه و فردی بود یا جمعی و غیر مسلحانه. ولی قیام و شورش دسته جمعی و مسلحانه را امام حسین آغاز كرد (قیام علیه عثمان نیز نوعی تفكیك بین اسلام و خلافت بود) .

مقام خلافت در آن روز عالیترین مقام روحانی و سیاسی بود و چنانكه می دانیم بازهم تا اندازه ای خلفای عباسی مقام روحانی خود را حفظ كردند و كسی كه اینقسمت را برای آخرین بار درهم شكست كه دیگر بپانخاست، خواجه نصیر الدین طوسی بود كه از علمای بزرگ شیعه است. خواجه با هلاكو همكاری كرد برای اینكه دستگاه جبار خلافت را از میان بردارد. اما سعدی در مرثیه ی مقام خلافت می گوید:

معلوم می شود سعدی هم حتی [تحت ] تأثیر جلال روحانی مقام خلافت بوده.

[