مخصوص دستگاه خلافت و رشوه های كلانی كه عثمان به آنها می داد به صورت ثروتمندان بزرگی درآمده بودند و حالا اینها می دیدند كه علی قصد مصادره ی اموالشان را دارد. زبیر كه هروقت بیت المال تقسیم می شد سهمش از ده بیست هزار دینار كمتر نبود، حالا می دید علی موقعی كه بیت المال را تقسیم می كند برای او سه دینار می دهد و همان مقدار هم به غلام او، و این مسئله البته برای زبیر قابل تحمل نبود. برای طلحه نیز وضع به همین منوال بود. به این ترتیب ایندو مقدمات جنگ جمل را فراهم كردند.

به دنبال جنگ جمل جنگ صفّین بپا شد. معاویه كه از بستگان عثمان بود، حدود بیست سال فعّال مایشاء و حاكم مطلق منطقه ی سوریه بود و در این مدت توانسته بود پایه های حكومتش را به اندازه ی كافی مستحكم كند. علی علیه السلام بعد از بیعت فرموده بود: من به هیچ وجه حاضر نیستم پای ابلاغ معاویه را امضا كنم و او باید بركنار شود. مصلحت اندیشان می گفتند: آقا! به طور موقت هم كه شده مدتی او را بر سر كار نگه دارید. فرمود: هرگز این كار را نمی كنم. به دنبال این پاسخ، معاویه جنگ صفّین را به راه انداخت.

به دنبال جنگ صفّین جنگ خوارج برپا شد كه ماجرایش را همه كم و بیش می دانید. نتیجه این شد كه در مدت چهارسال و چند ماه خلافت علی، به علت حساسیتی كه حضرت در امر عدالت داشت، دائما در حال مبارزه بود و آنی راحتش نمی گذاشتند. او حكومت را برای اجرای عدالت می خواست و همین شدت عدالتخواهی بالاخره منجر به شهادتش در محراب شد.

دوره ی خلافت برای علی علیه السلام از تلخترین ایام زندگی او به حساب می آید، اما از نظر مكتبش او موفق شد بذر عدالت را در جامعه ی اسلامی بكارد. اگر علی علیه السلام به جای آن دوره ی كوتاه، بیست سال خلافت می كرد در حالی كه نظام زمان عثمان همچنان باقی می ماند، امروز نه اسلام باقی مانده بود نه علی علیه السلام، نه نهج البلاغه و نه اسمی از عدالت اسلامی؛ علی هم خلیفه ای می شد در ردیف معاویه.