به عقیده شهید مطهری در کتاب «عرفان اسلامی» «عرفان از علومی است که در دامن فرهنگ اسلامی زاده شد و رشد یافت و تکامل پیدا کرده است» و به هیچ وجه وی اقتباس عرفان اسلامی از سایر ملل و نحل را نمی پذیرد و به شدت بر اصالت و استقلال عرفان اسلامی و زایش و رشد آن از دامن آموزه های قرآنی روایی تأکید دارد و نظریه التقاطی و تلفیقی بودن آن با عرفان های هندویی، مسیحی و... را نقد کرده و معتقد است: «آنچه مسلم است این است که عرفان اسلامی سرمایه اصلی خود را از اسلام گرفته است و بس.»
استاد می نویسد: «عرفان به عنوان یک دستگاه علمی و فرهنگی دارای دو بخش است: بخش عملی و بخش نظری.
بخش عملی عبارت است از آن قسمت که وظایف انسان را با خودش، جهان و خدا بیان می کند» و توضیح می دهد: «عرفان در این بخش مانند اخلاق است، یعنی یک «علم» عملی است. این بخش از عرفان علم «سیر و سلوک» نامیده می شود. در این بخش از عرفان توضیح داده می شود که «سالک» برای اینکه به قله منیع انسانیت، یعنی «توحید» برسد از کجا باید آغاز کند و چه منازل و مراحلی را باید به ترتیب طی کند.» آنگاه شهید مطهری در اهمیت استاد راه بیان می تند: «البته همه این منازل و مراحل باید با اشراف و مراقبت یک انسان کامل و پخته که قبلا این راه را طی کرده و از رسم و راه منزلها آگاه است صورت گیرد و اگر همت انسان کاملی بدرقه راه نباشد خطر گمراهی است.» به تعبیر استاد مطهری: «سالک در طی مراحل و مقامات که با واردات قلبی همراه است محتاج «پیر»، «راهنما»، «مرغ سلیمان» و «خضر طریق» یا انسان کامل است.»
«پس عرفان عملی مانند علم اخلاق است و درباره «چه باید کرد»ها بحث می کند با این تفاوت که: سیر و سلوک عرفانی -همچنانکه از مفهوم این دو کلمه پیدا است- پویا و متحرک است، بعلاوه عناصر روحی عرفانی بسی وسیعتر و گسترده تر است.» اما ایشان عرفان نظری را تفسیر هستی، یعنی تفسیر خدا و جهان و انسان تعریف ترده و بیان می دارد: «عرفان در این بخش مانند فلسفه است و می خواهد هستی را تفسیر نماید، بر خلاف بخش اول که می خواهد انسان را تغییر دهد.»
استاد پای بندی به شریعت و عمل به احکام اسلامی را لازمه سیر و سلوت بر شمرده و می گوید: «عارف به سه چیز معتقد است: شریعت، طریقت، حقیقت. شریعت وسیله یا پوسته ای است برای طریقت، و طریقت پوسته یا وسیله ای برای حقیقت.» استاد شهید مطهری به ممتنع بودن و بی معنا بودن عرفان منهای مذهب نیز اشاراتی دارد: «می خواهند عرفان را از خدا جدا کنند و عارف هم باشند. من در نوشته های امروز ایرانی ها می بینم به عرفان گرایش پیدا کرده اند. عرفان منهای خدا و مذهب! این خیلی عجیب است! امکان ندارد. امام باقر(ع) فرمود:به غرب و شرق عالم بروید آخرش باید بیایید این جا. زانو بزنید تا حقیقت را بفهمید. سخن درباره اظهار نظرهای مغرضانه گروهی غربی و غربزده است که می خواهند اسلام را از نظر معنویت، بی محتوا معرفی نمایند. مستشرقین در جستجوی منبعی غیر از اسلام هستند که الهام بخش معنویتهای عرفانی باشد و این دریای عظیم را نادیده می گیرند.»
وی آنگاه به عقیده فقها درباره احکام و اخلاق و عقاید و اینکه این سه جدا هستند اشاره و نظر عرفا رابیان می کند: «عرفا معتقدند همانگونه که انسان واقعا سه بخش مجزا نیست، یعنی بدن و نفس و عقل از یکدیگر مجزا نیستند، بلکه در عین اختلاف با یکدیگر متحدند و نسبت آنها با یکدیگر، نسبت ظاهر و باطن است، شریعت و طریقت و حقیقت نیز اینچنین اند، یعنی یکی ظاهر است و دیگری باطن و سومی باطن باطن.»
استاد شهید، «فطرت را ام المعارف می داند و اینکه راز تکامل را در «فطرت» انسان باید جست وجو کرد.
در عرفانی که شهید مطهری از آن سخن می گوید هماره فطرت انسان به چالش کشیده می شود، معرفت به خود، محاسبه خود و مراقبت از خویشتن، سرمایه های اصلی عرفان اسلامی هستند.
در عرفان از دو مقوله «خدا» «و انسان کامل» یعنی توحید و موح د سخن به میان می آید و راه رسیدن به مقام منیع توحید ناب و عرفانی در منازل و مقامات تعریف پذیر و تحقق بردار است که سالک باید لزوماً درسیر و سلوک به آن دست یازد. به تعبیر استاد شهید مطهری، «توحید عارف یعنی طی طریق کردن و رسیدن به مرحله جز خدا هیچ ندیدن»
اساس عرفان اسلامی بر دو محور «خودشناسی» و «خودسازی» یا «خودآگاهی و خداآگاهی» قرار دارد. استاد شهید مطهری درمواضع گوناگون از جمله انسان در قرآن، سیری در نهج البلاغه به آن پرداخته و انسان را از خود فراموشی و خدافراموشی، بر حذرداشته و این عوامل را آفات خودیابی دانسته است و از عوامل سعادت و کمال نیز عبادت و پرستش الاهی، خدمت به محرومان، توکل، صبر، شرح صدر و تقوا را نام برده است.
در اندیشه شهید مطهری عرفان نظری چند شاخصه مهم دارد: 1-وحدت وجود 2-کشف و شهود 3-ریاضت: به تعبیر استاد شهید مطهری (ره) ریاضت، «تن دادن به یک سلسله اعمال است که در آن، انجام واجبات و ترک محرمات اصالت دارد تا روح را برای اشراق نور معرفت آماده سازد.»
.4 عشق و محبت: استاد شهید مطهری، عشق به خدا و عشق به اولیای الاهی و انسان های کامل را عامل استکمال وجودی و زمینه ساز رشد و فلاح انسان سالک و از ضروریات اجتناب ناپذیر عرفان عملی می داند. (قبسات :24 محمدجواد رودگر)
عرفان اسلامی برای عقل و خرد اصالت و اهمیت قائل است و برهان و عرفان را مانعه الجمع ندانسته و به بهانه «شهود» از «فهم» و به بهانه عرفان از برهان و استدلال گریزان نیست. به تعبیر استاد مطهری: «در اسلام اصالت با عقل و معرفت عقلی است که به واسطه آن و با چنین کلیدی، انسان به دامان معرفت شهودی و معارف قلبی وارد می شود». «به نظر ما، سخن از ترجیح آن راه بر این راه بیهوده است، هر یک از این دو راه مکمل دیگری است و به هر حال، عارف منکر ارزش راه استدلال نیست».پس در معرفت شناسی جامع قرآنی و حدیثی جایگاه هر کدام از «عقل و دل» و برهان و عرفان معلوم و حضور یکی عامل غیبت دیگری نیست «از کانون دل حرارت و حرکت بر می خیزد و از کانون عقل هدایت و روشنایی...».
از طرفی عرفان عملی اسلام نه تنها با سیاست ورزی در تضاد و چالش نیست بلکه سیاست در دل عرفان قرآنی و ولایی نهفته و به سیاست نیز جهت خدایی و الهی می دهد و رهبری جامعه در حقیقت سامان دهی و نظام بخشی امت در راستی اهداف عالیه الهی است.
در نظرشهید مطهری: «عرفان هیچ وقت در نهایت امر سر از خدمت به خلق در نمی آورد، در وسط راه و بلکه در مقدمه راه سر از خدمت به خلق در می آورد. خدمت به خلق در عرفان هست و باید هم باشد، ولی خدمت به خلق نهایت راه نیست، خدمت به خلق مقدمه ای از مقدمات عرفان است».