مرجع روشن بین شیعه در كنار تدریس و كارهای روزانه، به تحقیق می‎پرداخت و نتایج پژوهش های خویش را ثبت می‎كرد. آن بزرگوار در پاسخ علاقه‎مندانی كه در پی بهره گیری از نوشته ­های ایشان بودند فرمود: زیاد چیز نوشته‎ام ... بعضی از آنها بر اثر نقل و انتقال از بروجرد به قم مفقود شده است.آثار علمی آن مرجع وارسته نشانه تلاش فراوان وی در این باره است.[1] 

نمونه­ای از این آثار:

الف : كتب عربی : 

1– ترتیب اسانید من لایحضره الفقیه. 2 – ترتیب رجال اسانید من لایحضره الفقیه.3 – ترتیب اسانید امالی الصدوق. 4 – ترتیب اسانید الخصال. 5 – ترتیب اسانید علل الشرایع . 6 – ترتیب اسانید تهذیب الاحكام . 7 – ترتیب رجال اسانید التهذیب . 8 – ترتیب اسانید ثواب الاعمال و عقاب الاعمال. 9 – ترتیب اسانید عدة كتب . 10 – ترتیب رجال الطوسی . 11 – ترتیب اسانید رجال الكشی . 12 – ترتیب اسانید رجال النجاشی . 13 – ترتیب رجال الفهرستین . 14 – بیوت الشیعة . 15 – حاشیة علی رجال النجاشی . 16 – حاشیة علی عمدة الطالب فی انساب آل ابی طالب ( از ابن عنبه) .17 – حاشیة علی منهج المقال . 18 – ترتیب فهرست منتجب الدین . 19 – رسالة فی ترجمة بعض اعاظم اسرته و اجداده. 20 – طبقات الرواة . 21 – حاشیة علی رجال الشیخ طوسی . 22 – رسالة حول سند الصحیفة السجادیة . 23 – حاشیة علی فرائد الاصول للشیخ انصاری . 24 – حاشیة علی كفایة الاصول . 25 – الاحادیث المقلوبة و جواباتها . 26 – حاشیة علی وسائل الشیعة . 27 – جامع احادیث الشیعة (31جلد) 28 – حاشیة علی مبسوط الشیخ الطوسی . 29 – حاشیة علی خلاف الشیخ الطوسی 30 – حاشیة علی عروة الوثقی . 31 – الفقه الاستدلالی 32 – رسالة فی المواسعة و المضایقة 33– رسالة فی منجزات المریض 34 – رسالة فی المهور 35 – حاشیة علی نهایة الشیخ الطوسی 36 – رسالة فی المنطق 37 – تعلیقة علی الاسفار لملاصدرا الشیرازی 38 – حاشیة علی منهج الرشاد 39 – المهدی ، علیه السلام، فی كتب اهل السنة 40 – الاثار المنظومة 41 – حاشیة علی مجمع المسائل 42 – حاشیة علی وسیلة النجاة 43 – الاعتقادات 44 – حاشیة علی منتخب الرسائل 45 – صراط النجاة 46 – مجمع الفروع 47 – حاشیة علی تبصرة المتعلمین 48 – انیس المقلدین

ب: كتب فارسی:

1 – توضیح المناسك 2 – توضیح المسائل 3 – مناسك حج

آن بزرگوار در سال­های اقامت در بروجرد، همواره در اندیشه نگارش مجموعه‎ای بود كه فقیهان را در استنباط احكام یاری دهد و آنها را از مراجعه به كتاب­های روایی متعدد بی‎نیاز سازد. وقتی به قم آمدند. و شاگردان خبره­ای تربیت كرد، این اندیشه را با آنها در میان گذاشت و به یاری گروهی از آنان در مدت هشت سال، اثر 31جلدی «جامع احادیث الشیعه» را آماده چاپ كرد.[2]