نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها حسب عنایت و دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله العالی) با هدفی متعالی و در راستای ایجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدایت الهی و در راستای تبیین ارزشهای اسلامی و تعمیق آگاهیهای دینی و اعتقادی دانشجویان و دانشگاهیان و بر اساس مصوبة نهایی اسفندماه سال 1372 شورای عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ایجاد سازمانی جدید برای تحقق منویات معظم له، بر اساس اهداف و وظایف معین تشكیل گردید كه در كلیة دانشگاهها و مراكز آموزش عالی به انجام وظایف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.
نهاد نمایندگی در دانشگاهها در جهت نیل به این اهداف و وظایف الهی دو اصل مهم و اساسی را فراروی خود قرار داده است :
1ـ تأكید و تلاش جدی بر حركت‌های زیربنایی و عمیق فرهنگی در راستای رشد و توسعه اندیشه‌ها و آگاهیهای دینی و اسلامی دانشجویان و دانشگاهیان.
2ـ ایجاد و تقویت روحیه تحرك و مشاركت فعال دانشجویان و دانشگاهیان در عرصه فعالیتهای سیاسی، اجتماعی و فرهنگی در سطح جامعه و دانشگاهها.
بر همین اساس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها با اهتمام و جدیت تمام نسبت به برنامه‌ریزی و ایجاد هماهنگی و ارتباط با نهادها و تشكل‌های دانشجویی اقدام نموده و در جهت ایجاد ارتباط با اساتید و نیروهای فرهنگی و مذهبی گامهای مؤثری برداشته است