این مركز با برگزاری طرح حكمت مطهر در دانشگاه ها، اهداف خود را این گونه بیان می كند: بسط و گسترش اندیشه شهید مطهری در دانشگاه ها، ایجاد موج فرهنگی در دانشگاه ها مبتنی بر سیر مطالعاتی آثار شهید مطهری، بستر سازی جهت گسترش اندیشه ناب اسلامی مبتنی بر سیر مطالعاتی آثار شهید مطهری، استخراج اصول و قواعد «چگونه اندیشیدن» در جهت آزاد اندیشی و تئوری پردازی در دانشگاه ها، ایجاد، ارتقا و تعمیق باورهای دینی دانشگاهیان با استناد به آثار و شخصیت شهید مطهری، بهره گیری از وجوه مختلف آثار شهید مطهری در حوزه های ادبی _ هنری، شناسایی، تربیت و انسجام نیروهای متعهد و متخصص با قابلیت برتر جهت رشد خلاقیت ها و جهت دهی منسجم با تكیه بر آرای شهید مطهری، پاسخگویی به شبهات اعتقادی و زدودن باورهای غلط، تقویت هویت ایرانی  اسلامی دانشگاهیان و آماده سازی آنان جهت زمینه سازی در راستای فرهنگ و تمدن نوین اسلامی، تقویت اتحاد ملی و انسجام اسلامی با تكیه بر نظرات و اندیشه های شهید مطهری است.